Tercera campaña al Alto Perú y gobierno de Güemes
Al conocerse el éxito logrado por el general Carlos María de Alvear con la caída de Montevideo, el ejército realista de Joaquín de la Pezuela abandonó Salta, Jujuy y Tarija y trasladado su cuartel general a Santiago de Cotagaita, destacando una división al mando de Juan Ramírez Orozco para sofocar la rebelión del Cusco, dirigida por los hermanos Angulo. Aprovechando la inactividad de la vanguardia realista, la vanguardia de Rondeau ―al mando de Güemes― avanzó hasta Humahuaca y se estableció un batallón en Yavi en diciembre de 1814. Pezuela reaccionó enviando en enero de 1815 al coronel Pedro Antonio Olañeta con los batallones de Cazadores y Partidarios, un escuadrón y dos piezas de artillería en busca de Güemes; pero este evacuó Yavi en dirección a Humahuaca el 25 de enero. Al mismo tiempo, dos escuadrones realistas reocuparon Tarija. Un intento de sublevación de las tropas acantonadas en Jujuy y Humahuaca, formadas por soldados rendidos en Montevideo, fue abortado antes de que estallara.
En momentos en que las tropas se preparaban para iniciar la tercera campaña al Alto Perú, el general Carlos María de Alvear fue designado para reemplazante de Rondeau. Los oficiales del Ejército del Norte se sublevaron; le comunicaron a Rondeau que solo iban a acatar sus órdenes pero no las de Alvear, y lo instaron a iniciar la campaña. Rondeau no castigó esa sublevación, demostrando que estaba detrás de la misma, y ordenó el comienzo de la operación, que comenzó en enero de 1815.
Rondeau reemplazó como jefe de vanguardia al coronel Güemes por Martín Rodríguez. Por su parte, Güemes acompañó el avance del Ejército como jefe de los "gauchos" ―es decir, las milicias rurales de la provincia― evitando perder el mando de sus tropas y ganando en autonomía frente al comandante.

Cuando Güemes llegó a Salta, el pueblo salió a la calle y desconoció al gobernador designado por el Directorio, el coronel Hilarión de la Quintana, quien se hallaba incorporado al ejército de Rondeau en el Alto Perú y por ello el Cabildo de Salta estaba a cargo del gobierno. El 6 de mayo de 1815 el Cabildo de Salta se reunió para tratar sobre las comunicaciones enviadas por el Cabildo de Buenos Aires informándole que se había hecho cargo del gobierno nacional después de haber sido derrocado el director supremo Alvear. Ese día se conformó una asamblea de notables en Salta que eligió gobernador de la Intendencia de Salta al coronel Martín Miguel de Güemes, quien asumió inmediatamente. Era la primera vez que las autoridades de Salta eran elegidas en la propia provincia desde 1810, ya que hasta ese momento, todo se había reducido a cambiar las autoridades de España por las de Buenos Aires. El Cabildo de Jujuy se negó a reconocerlo por no habérsele dado intervención, pero Güemes negoció cuidadosamente y logró hacerlo cambiar de idea y en septiembre lo eligió también el pueblo de Jujuy.
El nuevo Director Supremo, cuya autoridad para imponer gobernadores había sido desconocida, era el general Rondeau. Este rechazó airado la designación de Güemes aunque, por el momento, poco podía hacer en su contra.